Thomas (Dylan O’Brien) ja muut aukiolaiset huomaavat olevansa keskellä tähän asti vaarallisinta seikkailua, murtautuessaan sisälle salaiseen WCKD-järjestön kontrolloimaan kaupunkiin. Trilogian huikeassa päätösosassa labyrintista ulos pääsemisen sijaan on löydettävä keino päästä takaisin sisään.